O tratamento dado ao acervo do MIS é o museológico. Está organizado em sete setores, separados por tipologias: sonoro, textual, audiovisual, iconográfico, partitura, tridimensional e bibliográfico.
O Acervo é formado com 39 coleções particulares de grandes personalidades da nossa cultura. Com mais de 500 mil itens, documentos nos mais variados suportes: fotografias em papel, negativos em vidro, negativos estereoscópicos, cartazes, gravuras, discos, filmes, fitas de vídeo e de áudio (formatos diversos), documentos textuais, partituras e objetos tridimensionais (instrumentos musicais, indumentária, medalhas, troféus, etc.). Este acervo constitui uma significativa parcela da memória carioca. Foi doado ou adquirido de personalidades relacionadas aos diversos setores culturais, com ênfase para a música popular brasileira.
Na sede Lapa encontram-se o acervo Tridimensional, Sonoro, Textual, Partitura, Bibliográfico e Audiovisual.
São os objetos em três dimensões (comprimento, largura e altura). Deste acervo fazem parte, por exemplo, troféus, medalhas, instrumentos musicais, utensílios pessoais. O setor totaliza 920 itens.
Como o nome já indica, são os dispositivos que emitem som, analógicos ou digitais, como fita cassete e rolo, disco de acetato sobre alumínio, acetato sobre papel, cera e vinil, CDs, dentre outros aparelhos. O setor possui 52.698 itens.
É composto dos documentos manuscritos, datilografados ou impressos, como scripts e roteiros de programas, correspondências, documentos contábeis, documentos pessoais, convites, textos legais (contratos empresa, gravadoras etc.); produção intelectual, tais como textos, entrevistas, recortes de jornais, e outros. O setor dispõe de 37.346 itens.
São as notações musicais manuscritas ou impressas. O setor possui capa de partitura e partituras que somam 84.997 itens. Sendo 35.459 partituras manuscritas e 48.636 impressas.
Entre revistas, folhetos, livros, periódicos e referências e muitos outros itens, são 7.711 títulos.
São instrumentos que transmitem mensagem por meio de som e imagens (fixas ou com movimento), em sincronia. Os objetos se apresentam em diversos formatos, como arquivo digital (DVD/HD), fita de vídeo (BETACAM/ DVCAM/MINI-DV/ U-MATIC/ VHS/ S-VHS), películas cinematográficas em 16 e 35 mm, além de outros formatos. O setor possui 2.298 itens.
Na sede Praça XV, encontra-se o acervo Iconográfico.
São documentos bidimensionais, como fotografias em papel e estereoscópicas em vidro, negativos em vidro, diapositivos, cartazes, desenhos, serigrafias e gravuras, dentre outros. São 100.885 itens.